Bestyrelsen for Genner Univers udgør sammen med den daglige leder den samlede ledelse af Genner Univers. Bestyrelsen beskæftiger sig med overordnede, retningsgivende strategiske spørgsmål vedr. Genner Univers f.eks.:
- Udarbejde principper og politikker
 - Udarbejde et værdiregelsæt, herunder en antimobbestrategi
 - Udarbejde ordensregler
 - Udtale sig ved ansættelse
 - Godkende overordnet dagsskema for skoledelen
 - Godkende budget
 - Træffe beslutning om madordning
 - Udtale sig om kommunens kvalitetsrapport
 - Afgive udtalelse til kommunalbestyrelsen i forskellige høringer
 
Bestyrelsen beskæftiger sig ikke med daglige driftsspørgsmål som pædagogiske beslutninger, elev- eller personalesager.
Bestyrelsen er sammensat af 4 forældrerepræsentanter fra skoledelen og tre forældrerepræsentanter fra dagtilbudsdelen, to medarbejder repræsentanter – en fra hver afdeling og to elevrådsrepræsentanter. Lederen af Genner Univers deltager i møderne uden stemmeret.
Bestyrelsen holder 10 møder pr. år.
Der er valg til bestyrelsen i lige år i april/maj. Bestyrelsen konstituerer sig med en formand og en næstformand.
På mødet i august/september udarbejder bestyrelsen et årshjul for arbejdet i bestyrelsen det kommende år.
Ud over arbejdet på bestyrelsesmøderne arrangerer bestyrelsen hvert år en forældrearbejdsdag, hvor der planlægge forskellige opgaver.